La Ligue naît de facto durant le procès d’Émile Zola. Ce rassemblement se mue ensuite en une « Ligue des droits de l’homme et du citoyen », officiellement enregistrée le 4 juin 1898, soit quatre années après la condamnation du capitaine Dreyfus. L’Institution se dote dès les débuts, d’un solide groupe d’avocats et de juristes. La Ligue ne veut pas « créer du droit, mais protéger le droit ». Elle regroupe dans ses rangs des politiciens de premier plan, radicaux et socialistes mais également un grand nombre d’intellectuels et d’écrivains comme Anatole France, Marcel Proust et d’autres.
Après la Grande Guerre, la réflexion de la Ligue va essentiellement se porter vers le statut politique et social des colonies. Le premier élan, en compagnies des Maçons et des socialistes, va les pousser à importer la République dans les colonies ; mais surtout pour les Européens ! Quel statut alors p