Dans le second volume, Buffon présente son audacieuse théorie de la génération des animaux, qui rompt avec les conceptions préformationnistes alors dominantes, et forge la notion de "moule intérieur" et de "molécule organique". Dans une seconde partie, il entame l’Histoire naturelle de l’Homme, dont il tente de définir la nature et dont il explore les âges de la vie.